Mei Ling a remarqué grâce au satellite-espion Shadow Five que la végétation avoisinant un bâtiment de la République du San Chago, un Etat néo-communiste situé dans les Caraïbes, à 600 km de la Floride, a subi une décoloration. Ce phénomène pourrait être du au déversement de produits chimiques. Il est donc possible que des armes chimiques soient produites à l'intérieur du bâtiment ! Mei Ling, inquiète, fait part de ses craintes au Général Schultz : un Metal Gear pourrait facilement tirer un missile tactique rempli d'armes chimiques à destination de la Floride sans aucun problème. Mais le Général semble apparement plus pressé d'aller dîner...
Le Colonel Campbell décide alors de monter une opération non-officielle, avec Mei Ling comme agent. Il est en effet à noter que FOX-HOUND est sous très haute surveillance depuis l'incident de Shadow Moses. Snake entraîne donc Mei Ling à tirer, mais cette dernière excelle déjà, grâce au programme ROTC qu'elle a suivi au MIT.
La mission de Mei Ling consiste, d'une part, à récupérer un échantillon de terre contaminé, et, d'autre part, à inspecter la supposée usine d'armement. Vu la dangerosité de la seconde partie de la mission, le Colonel Campbell demande à Snake de l'accompagner.
Le temps n'est pas au beau fixe : il y a une tornade juste au-dessus de la mer... Mais cela permettra à Snake et à Mei Ling de ne pas être détectés par les radars ennemis s'ils se cachent dans les profondeurs sous-marines. Snake rappelle à Mei Ling qu'elle peut encore abandonner la mission, mais notre spécialiste en communications préférée refuse.
Les deux équipiers ont fait surface et se dirigent vers la terre ferme. Snake ordonne à Mei Ling de cacher le canot pneumatique derrière des buissons, tandis que cette dernière lui rappelle d'utiliser des transmissions par rafales, histoire d'éviter de se faire remarquer par l'ennemi. Snake contacte le Colonel. Lui et Mei Ling sont encore à 20 km de leur objectif. Le Colonel rappelle à Snake qu'il doit compter sur Mei Ling et vice-versa. Snake ne comprend pas : pour lui, Mei Ling n'était pas nécessaire à cette mission. De plus, elle n'est pas formée pour survivre dans un tel environnement. Mais Campbell lui rappelle que lui aussi a été un bleu, il fut une époque.
Snake coupe la communication et décide d'établir le campement à l'endroit où ils se trouvent. Il s'asperge d'insecticide et prête son spray à Mei Ling. Celle-ci, terriblement fatiguée, est sur le point de s'asseoir au sol quand Snake l'arrête. Il la prévient, il s'agit d'un endroit dangereux, qui regorge de tarentules et autres serpents venimeux. Il faut donc dormir dans un hamac afin d'éviter tout problème. Mei Ling n'en ayant pas, elle emprunte celui de Snake.
Snake est en train de préparer du café, le bruit réveille Mei Ling. Snake lui offre une tasse de son café noir et corsé pour la réveiller : il n'est que 3 h du matin, il fait nuit noire et les animaux sont encore endormis. Mei Ling a l'air étonnée, et Snake lui explique que tout bon soldat doit se préparer avant que le soleil ne pointe le bout de son nez. La jeune femme lui raconte alors son passé.
Son rêve était de voler dans le ciel. Quand elle était enfant, elle sautait du haut des arbres, croyant qu'elle pouvait s'envoler. Pendant des années, elle s'est entraînée afin de devenir pilote dans l'Air Force... Mais rien à faire, sa mauvaise vue atavique lui barrait le chemin. Par conséquent, elle a décidé de tricher aux tests, en portant des lentilles de contact. Malheureusement, lors d'un vol d'entraînement, ses lentilles sont tombées et elle n'a pas pu atterir. Le lendemain, elle quittait l'Air Force. Par la suite, elle s'est spécialisée dans le traitement de données et l'analyse de dossiers secrets. Mais Mei Ling souhaitait aussi découvrir l'espace, ce qui explique son utilisation intensive des satellites de reconnaissance. Elle demande à Snake si, finalement, c'est une bonne chose qu'elle ne soit pas devenue pilote. Snake répond par l'affirmative, mais lui rappelle le but de leur présence : l'échantillon de terre ! Mei Ling lui avoue alors qu'elle a également participé à cette mission pour des raisons personnelles... C'est à ce moment précis qu'une lampe-torche éclaire les ténèbres. Un camion rempli de soldats portant des combinaisons de protection, profitant du moment où les satellites-espions ne sont pas au dessus de la zone, démarre. Mei Ling, suivant un proverbe, se dépêche pour aller prendre une photo, et pose le pied sur une mine !
Snake, attiré par les cris de Mei Ling, s'approche d'elle, et découvre qu'il s'agit d'une mine Marcou. Il lui ordonne ensuite de ne pas bouger, et emprunte son couteau de combat. L'aube se lève. Mei Ling craint qu'ils soient découverts par les ennemis. D'après Snake, ils sont bien cachés dans les buissons, à l'abri des regards. Snake emprunte les épingles à cheveux de Mei Ling pour faire office de sécurité. La jambe ankylosée, Mei Ling parvient difficilement à bouger.
Notre duo arrive enfin devant l'usine, qui est bien gardée. Mei Ling prend des photos. Snake lui avoue qu'il a accepté cette mission parce qu'elle avait déjà vu ses découvertes sous-estimées par les huiles du gouvernement. Lors de la guerre d'indépendance de la République de Basra (en Asie de l'Est), plus de 1000 réfugiés ont été blessés et tués par du gaz, car les hauts-placés n'avaient pas tenu compte de ses informations. C'est aussi pourquoi Mei Ling a accepté cette mission : pour fournir des preuves plus concrètes.
Mais il y a aussi une autre raison... A propos d'elle et de Snake... Juste au moment où elle se décide à en parler, deux enfants soldats, armés, s'approchent. Snake s'apprête à les tuer, mais Mei Ling l'en empêche. Il s'énerve alors, et lui demande de récupérer son échantillon en vitesse.
Mei Ling présente ses preuves, prétendant qu'elles proviennent de la C.I.A.. Mais le Général Schultz perce facilement son mensonge. Quoi qu'il en soit, la Maison Blanche a décidé de lancer un missile de croisière sur l'usine.
La nuit, Snake rejoint Mei Ling, déprimée, sur la plage. Elle est très affectée, à ses yeux, tout ce qu'ils ont accompli n'a servi à rien : il y aura encore des blessés et des morts. Elle éclate en sanglots. Snake essaie alors de la consoler, sortant, tout comme elle a l'habitude de le faire, de nombreux proverbes...