


On y trouve le jeu principal, avec toutefois quelques différences :
- Les posters du jeu original ont été remplacés.
- Certaines cinématiques ont été modifiées.
- Une nouvelle réponse au questionnaire figurant au début du jeu ("J'aime MGS 3 !") permettant de débloquer la plupart des bonus du jeu directement.
- Les camouflages disponibles grâce aux CD musicaux peuvent être débloqués en terminant le jeu ou en choisissant "J'aime MGS 3 !" en début de partie.
- Les camouflages autrefois téléchargeables sur le site de Konami se trouvent dorénavant sur le disque lui-même.
- Une nouvelle caméra 3D (en plus de l'ancienne) sélectionnée par défaut.
Est également disponible le Mode Démo.

Y sont disponibles les bonus déjà présents dans Snake Eater, tels que le Mode Duel et le Mode "Serpent contre les Singes". Mais ce n'est pas tout.
On retrouve également :
- Les Secret Theaters, ces 17 vidéos parodiant MGS 3. Treize d'entre elles ont été d'abord diffusées sur le site de Konami. La bande-annonce de MGS 4 a été présentée à l'E3 2005 et Metal Gear Raiden : Snake Eraser, au TGS 2005, ce qui ne fait que deux exclusivités pour Subsistence.
Liste des Secret Theathers

- Metal Gear Solid 3 : Snake Eater
MGS 3 monté par Hideo Kojima en film de 3h30 avec des scènes de gameplay pré-enregistrées pour faire le lien entre les cinématiques, et une narration réalisée par Jack N. Merluzzi.
- Bande-annonce Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots (TGS 2005)
A noter que ce disque est une offre "limitée" avec les premiers MGS3 Subsistence vendus.