Appuyez sur les gâchettes L et R pour ralentir/accélérer les brins d'ADN de l'écran-titre.
Au tout début du jeu, retournez dans l'eau et marchez vers le côté opposé. Vous y trouverez l'AP Sensor.
Mettez-vous dans une boîte en carton, en plein milieu du chemin d´un garde. Attendez que celui-ci regarde dans votre boîte, et ensuite il va ranger son arme et soulever la boîte. A ce moment-là, appuyez brièvement sur L pour vous débarrasser de la boîte, tandis que vous braquerez le garde avec A.
Si vous portez le masque à gaz sous l'eau, votre barre d'O2 diminuera moins vite, comme si vous étiez dans une salle remplie de gaz.
Equipez une arme (de préférence le FAMAS ou encore le Nikita) et appuyez sur B pour frapper le Ninja, vous lui ferez perdre davantage de vie.
Dans le laboratoire d'Otacon, au-dessus d'un écran d'ordinateur, trône une statuette de Mario et de Yoshi. Si vous tirez sur Mario, un "1 UP" apparaîtra au-dessus de sa tête, et votre vie remontera. Si vous tirez sur Yoshi, il criera son nom.
Si vous avez une sauvegarde d'Eternal Darkness, de Legend of Zelda : The Wind Waker, Super Mario Sunshine ou encore Super Smash Bros. Melee dans votre carte mémoire, Psycho Mantis y fera référence avant le combat.
Vous devez brancher votre manette dans le port 4 si vous voulez que Psycho Mantis ne lise plus dans vos pensées.
Après que Meryl vous ait indiqué le chemin à suivre pour éviter les mines, marchez sur une Claymore. Une petite cinématique se déclenchera et elle se moquera de vous.
Au lieu de retourner au B2 Armury pour obtenir le PSG-1, allez jusqu'au B1 Floor Nuke Building (là où vous avez combattu Psycho Mantis) : le PSG-1T se trouvera dans la salle au fond à gauche.
Il est possible de descendre sans la corde lorsque le Hind vous attaque, en sautant par-dessus la rambarde, en se lâchant et en se raccrochant sans cesse.
Sortez de la salle où vous devez insérer les cartes PAL puis allez au sud-est de l'étage : là, sautez par-dessus la barrière juste avant d'arriver au pilier et lâchez vous et rattrapez-vous vite à la plate forme en dessous en pressant Y dès que vous passerez devant. Equipez la carte puis tirez dans le tuyau « liquid nitrogen » (nitrogène liquide) de couleur bleue : un souffle d'air froid va alors jaillir du tuyau et faire passer la carte en bleu. Lâchez-vous au niveau au-dessus (vous perdrez de la vie donc prenez une ration si besoin est) puis remontez aux ordinateurs insérer la carte. Répétez l'opération en tirant cette fois dans le tuyau « steam » (vapeur) de couleur grise.
Vous pouvez casser les phares de la jeep de Liquid en tirant dessus.
Vous obtiendrez :
Terminez le jeu après avoir obtenu les deux fins, puis recommencez une partie. Snake portera un smoking, le Ninja sera de couleur rouge et bleue et Meryl sera habillée d'une combinaison furtive (issue des Metal Gear Solid Drama CD). Si vous terminez le jeu avec ces nouvelles tenues, Snake, Meryl et le Ninja les porteront dans le mode cinéma.
Durant bon nombre de "cassettes" du briefing, les mots "camera change" et "camera free" apparaîtront à l'écran. Ceci signifie que vous pouvez jouer avec la caméra. Pour zoomer, appuyez sur L + R. Pour changer la vue, appuyez sur le C-stick.
Dans la base souterraine, allez au troisième étage, devant le nez du REX. Equipez-vous des Jumelles, tournez de 90° vers la gauche. Regardez en l'air pour trouver un diamant bleu issu des Missions Spéciales. Le diamant suit vos mouvements et change de couleur selon l'endroit où vous vous trouvez.
Avant de voir la scène où le Ninja tue énormément de Soldats Génomes, vous entendez toujours d'étranges sons (avant d'atteindre le couloir). Si vous maintenez le bouton R, vous comprendrez ce qu'ils signifient.
A noter