An de grâce 1997. Les superpuissances nucléaires mondiales, grâce à leurs meilleures relations diplomatiques -et ceci surtout au niveau USA/Russie-, ont enfin consenti à démanteler la plupart de leurs armes nucléaires, amassées au cours de la Guerre Froide. Au même moment, une petite nation située à proximité de la Russie, de la Chine et des pays arabes, Zanzibar Land, a créé un nouveau régime militaire. Tout en luttant contre une unité CEI répressive installée aux abord de la Russie, leurs habitants, pour une majeure partie des mercenaires, ont commencé à lancer des raids sur les sites nucléaires des plus grandes nations et à voler des armes non désamorcées, faisant de Zanzibar Land l'unique puissance nucléaire de la Terre.
Le jeu se déroule en 1999. Le désarmement nucléaire est désormais chose faite, et nous nous apprêtons à passer au 21ème siècle, des années promises à l'absence de menaces nucléaires... Malheureusement, et ceci malgré les prévisions qui prévoyaient encore des réserves pour plus de 30 ans, le monde endure une crise énergétique en raison d'une importante pénurie de pétrole, le prix du baril atteignant des sommets jamais vus, et l'économie mondiale est au bord du précipice... Personne ne trouve d'énergie alternative. Tout du moins jusqu'à ce que le biologiste tchèque Kio Marv développe l'OILIX.
Ce dérivé d'une algue permettrait de raffiner le pétrole, afin d'en tirer un rendement très important. De quoi sauver le monde de cette crise. Vous vous en doutez, une telle découverte intéresse les Zanzibarians. Ainsi, lors d'un voyage de Marv, qui devait se rendre à une conférence en Amérique, le professeur fut enlevé... Les armes nucléaires et l'OILIX entre leurs mains, la petite nation qu'est Zanzibar Land se proclame suprématie militaire mondiale.
Un organisme d'une taille de quelques micromètres va décider du destin du monde, et seul le meilleur agent secret serait capable de sauver la situation en infiltrant ce pays et en sauvant le docteur Marv.
Le nouveau commandant de Fox-Hound, Roy Campbell, a ainsi fait appel à Solid Snake, devenu une "Légende" suite à la révolte d'Outer Heaven où l'on prétend qu'il a tué Big Boss, le "Soldat Légendaire", et sauvé le monde du Metal Gear TX-55, menace nucléaire par excellence. Pourtant à la retraite, il accepte de s'occuper de cette délicate mission.
Snake a dû escalader une falaise avant d'arriver à la forteresse, la voie aérienne étant impossible à emprunter. Dans la place forte en elle-même, il reçoit un appel d'un agent de la CIA et ancienne journaliste nommée Holly White. Solid Snake recherche alors le docteur Marv. Au troisième étage du Zanzibar Building, il remarque la présence de l'émetteur du scientifique. Mais une fois dans la pièce elle-même, le docteur Marv éclate de rire. L'homme n'était pas le docteur mais un mercenaire nommé Black Color, maître du déguisement. Snake le tue, mais Black Color se révèle être Kyle Schneider, membre de la résistance à Outer Heaven en 1995. Avant de mourir, Kyle lui a expliqué qu'un scientifique se trouvait enfermé quelque part dans la jungle.
Snake suivit discrètement un soldat à travers la jungle épaisse jusqu'à une cellule. Dans cette pièce, il entendit des bruits contre le mur : c'était un code secret. Snake déchiffra le message qui se révéla être une fréquence CODEC. Il put alors contacter l'homme de l'autre coté du mur : le docteur Petrovich, sosie d'Albert Einstein et accessoirement concepteur du tout premier projet Metal Gear, kidnappé afin d'en fabriquer... un nouveau. Comme on dit, on ne se refait pas.
Le docteur expliqua qu'il avait été capturé en même temps que son ami Kio Marv, dans l'avion qui devait les mener à une conférence aux U.S.A. Selon Petrovich, Marv a été transféré dans la Tour de Zanzibar. Snake apprend aussi que le leader de Zanzibar Land n'est personne d'autre que... Big Boss, ex-patron de Fox-Hound. Malheureusement, Snake n'a pour le moment aucun moyen de faire sortir Pettrovich de sa cellule.
Après un combat contre Running Man, qui ne travaille pas avec Big Boss que pour le compte de Zanzibar Land, mais aussi pour le projet français "Les Enfants Terribles", Snake se rendit dans le désert. Avant même de pouvoir y faire un seul pas, il reçoit l'appel de quelqu'un qui se dit être "un de ses fans" et qui le prévient que le désert est truffé de mines -effet de déjà vu ?- Snake traversa le champ miné, détruisit au passage un Hind-D et pénétra en tant que boîte en carton dans la Tour. Holly ayant été capturé, Snake alla la délivrer.
La jeune femme lui révéla que le docteur Marv avait lâché un pigeon voyageur avec un message. Snake le captura sur le toit de la Tour, et le message décodé donna la fréquence CODEC de Marv. Snake l'appela, mais il y eut des gros problèmes de communication dû à la différence de langue. Petrovich conseilla à Snake de retrouver l'agent Natasha Markova, qui se serait déguisée en soldat ennemi. Snake la retrouva dans les toilettes des dames -dites donc...
Le biologiste se trouverait au nord de la Tour, au centre de détention. Snake et Natasha rendirent visite à Petrovich. Alors qu'ils se rendaient tous les trois en direction du centre de détention, le vieux docteur s'éclipsa le temps de faire ses "petits besoins" . Snake et Natasha en profitèrent pour parler de leurs situations respectives. Natasha dévoila qu'elle avait été mariée à un homme nommé Frank Hunter dix ans auparavant, mais que malheureusement elle n'a pas eu droit à la fameuse carte verte pour rester aux Etats-Unis. Petrovich les rejoignit et ils se rendirent au nord de la Tour pour sauver le docteur Marv.
Alors qu'ils se trouvent face à un pont semblant fragile, Petrovich se dévoue pour passer le premier. Natasha traverse ensuite, et alors qu'elle demande à Snake de le franchir lui aussi, un missile désintègre le pont et la pauvre Natasha est emportée dans le souffle de l'explosion. Les dernières pensées de Natasha seront pour "Frank". C'est à ce moment-là que, impuissant, Snake entend une voix familière...
"Snake, écoute, on est de bons potes, alors je te laisse la vie sauve à condition que tu te tires d'ici !". Il semblerait que la trahison du Big Boss lors de l'incident d'Outer Heaven n'était pas la fin de celle de Fox-Hound, car Snake découvrit que Grey Fox, le premier agent spécial envoyé dans Outer Heaven quatre ans auparavant (et accessoirement son ami) était aux commandes du nouveau prototype de Metal Gear. Snake refusa d'abandonner et continua sa mission : retrouver le docteur Marv, ainsi que le docteur Petrovich, qui avait été fait prisonnier à nouveau.
Snake dû utiliser un deltaplane -oui, oui- pour passer de l'autre côté du pont, aidé encore une fois par son " fan " qui lui indiqua la direction du vent. Au centre de détention, Snake est encore contacté par son "fan" attitré, qui lui expliqua qu'un mercenaire équipé d'une technologie de camouflage optique lui tendait un piège. Snake trouva enfin la pièce où se trouve le docteur Kio Marv. Mais arrivant trop tard, il découvre aux cotés du docteur Petrovich son corps inanimé. Petrovich lui explique que le coeur de Marv n'a pas supporté la torture. Après avoir examiné le corps de Marv, Snake remarqua des traces sur son coup. C'est alors qu'Holly contacte Snake et lui explique que Petrovich est en fait un résident volontaire de Zanzibar Land et que c'est lui qui a manigancé la capture du docteur Marv... Snake se débarrassa du traître et récupéra une cartouche MSX (?!) contenant toutes les infos sur l'OILIX, assurant au monde une nouvelle source d'énergie.
Snake affronta ensuite Grey Fox dans son Metal Gear D tout neuf, détruisit le mécha, mais il fut assommé par le souffle de l'explosion. Grey Fox récupéra les données de l'OILIX et s'enfuit. Snake le poursuivra jusqu'à une salle remplie de mines. C'est alors que George Kessler, spécialiste des mercenaires, le contacte par CODEC. Le vrai nom de Grey Fox est Frank Jaeger, mais il était connu il y a 10 ans sous le nom de... Frank Hunter (d'où le nom de famille de Naomi dans MGS, vous me suivez ?).
Fox se révéla être le "fan" qui avait aidé Snake au cours de l'aventure. Snake affronta son -ancien ?- ami, gagna la bataille et récupéra les données de l'OILIX. Il rencontra de nouveau Big Boss, présumé mort quatre ans auparavant. Snake le tue une fois pour toute avec une arme de fortune (du spray et un briquet, c'est le MacGyver du jeu vidéo), et s'enfuit vers l'horizon en hélicoptère en compagnie d'Holly, à temps pour les fêtes de Noël.