Vous aurez sans doute remarqué la présence d'une fréquence spéciale (140.07) dans le générique de fin... Eh bien, après avoir terminé le jeu, commencez une nouvelle partie et appelez le 140.07 pour suivre une émission radio portant sur l'espion 2.5.
A chaque fois que vous entrerez dans une nouvelle zone, appelez la fréquence pour suivre la série. Vous pouvez également utiliser le mode "Stage Select" pour aller plus vite.
Une fois arrivé au 100ème sous-sol, rendez-vous dans la pièce située à gauche de l'ascenseur pour découvrir les restes du Metal Gear TX-55 que Snake avait détruit 7 ans auparavant...
Complétez les missions VR à 100 %.
Après avoir terminé Ghost Babel une première fois, vous débloquerez ce mode de jeu un peu particulier où un dénommé N° 4 vous propose d'accomplir de nouveaux objectifs dans les différentes zones du jeu... Au fur et à mesure de votre réussite, il vous dévoilera des secrets quant à l'histoire de Metal Gear. A noter que le dernier message a un rapport troublant avec MGS 2...