La Black Chamber est née dans l'ombre de Fox-Hound. En effet, suite à la destruction de Metal Gear et de Outer Heaven en 1995, le nom de Fox-Hound fit la une des journaux du monde entier. Tout le monde a connu le nom de "Solid Snake", qui est devenu la "Légende". Depuis ce temps-là, le nom de Fox-Hound était devenu trop célèbre. Ainsi, toutes les actions de cette organisation étaient surveillées par de nombreuses agences de renseignements. Les opérations secrètes étaient devenues impossibles. C'est pourquoi la Black Chamber a été créée. Composée d'anciens des forces spéciales, c'est elle qui s'occupait de reprendre toutes les actions secrètes de Fox-Hound : assassinat de leader étrangers anti-américains, élimination de civils américains exerçant des activités contre les institutions, intervention dans des conflits et des guerres civiles affectant les intérêts. Bref, le sale boulot.
En l'an 2000, la Black Chamber avait une mission top secrète : la restauration de Metal Gear... Le développement de Metal Gear avait déjà commencé depuis plusieurs années sous la supervision de la C.I.A. Un groupe de terroristes sud-américain s'était emparé de Metal Gear, mais, malgré de nombreuses pertes au sein de leur organisation, la Black Chamber a réussi à le détruire. Mais certaines personnes du gouvernement des Etats-Unis avaient peur que le développement de Metal Gear, l'existence de la Black Chamber, et surtout les missions qui leur étaient assignées ne soient connus du public... Quand les hommes de la Black Chamber sont rentrés dans leur quartier général, ceux de Fox-Hound les attendaient.
La plupart des hommes, qui étaient désarmés, ont été massacrés, pris au piège. Le vrai nom de celui qui a donné l'ordre de cette opération n'est mentionné nulle part. De cette organisation, il ne reste plus que cinq membres : Slasher Hawk, Marionnette Owl, Pyro Bison, Viper Black Art, et... Un autre, introuvable. Ceux qui ont survécu ont jurés de se venger, et ils se sont installés sur le territoire de Gindra. Metal Gear, Outer Heaven, le Projet Babel... Tout cela pour faire sortir la "mascotte" de Fox-Hound de son trou.